Acquisito nei primi anni del Novecento probabilmente dalla famiglia Malacarne, il fondo comprende i libri, alcuni manoscritti e documenti di Vincenzo Malacarne (1744-1816) e dei figli Gaetano Malacarne (1779-1832) e Claro Giuseppe Malacarne (1774-1828). Ai volumi venne apposto il timbro della Biblioteca Pinali e attribuita la sezione di collocazione "Malacarne".

Nei primi anni del Novecento fu redatto un catalogo a schede del fondo, che andò però perduto a causa degli eventi bellici. Con la riorganizzazione delle raccolte degli anni 1950/60 i volumi più antichi furono estratti dalla sezione di collocazione "Malacarne" e inseriti nella sala Ducceschi della ex biblioteca "Pinali antica" per garantire la migliore conservazione, parte dei volumi conservò la sezione di collocazione e parte ancora, per motivi di spazio, fu trasferita in un deposito nello stesso edificio.

Una ricostruzione virtuale del fondo, che comprende tutto il materiale presente in biblioteca riferibile ai Malacarne, è consultabile da Galileo Discovery : Fondo Malacarne

Il fondo comprende libri con note e revisioni di mano  di Vincenzo Malacarne, alcuni manoscritti (tra cui il Della Rabbia) e un faldone di documenti in cui si conservano la patente di chirurgo del Collegio di Torino (1734) di Giuseppe Malacarne e la Ducale (Venezia, 1794 marzo 13) con cui il doge Ludovico Manin conferisce a Vincenzo Malacarne la cattedra di chirurgia dell’Università di Padova, i diplomi e gli attestati di diverse Accademie, tra cui l'Accademia Olimpica di Vicenza e l'Accademia nazionale delle scienze detta dei Quaranta.

Vincenzo Malacarne (1744-1816) chirurgo e anatomista , nato a Saluzzo, si laureò a Torino e ottenne nel 1789 la prima cattedra di clinica chirurgica all'Università di Pavia, cattedra che fu costretto a lasciare nel 1793 dopo lo scandalo provocato dalla pubblicazione della sua opera L'esplorazione proposta come fondamento dell'arte ostetrica (1791) e dalla querelle scoppiata con J.P. Frank; dal 1794 fu chiamato all'Università di Padova dove resse la cattedra di chirurgia pratica, successivamente la cattedra di di ostetricia e la direzione del Museo di Ostetricia.

Malacarne è noto soprattutto per i suoi studi di neuroanatomia, ma la sua ampia produzione comprende opere storiche e letterarie, versi didascalici e opere di vario argomento.

Gaetano Vincenzo Malacarne (1779-1832), figlio di Vincenzo, fu professore di Ostetricia presso l'Università di Padova e biografo del padre. Studioso di anatomia comparata, si occupò anche delle collezioni museali della Scuola veterinaria (Collegium Zoojatricum)  istituita a Padova  nel 1773/74.