La biblioteca conserva venti erbari secchi, legati a codice, per lo più del 17. secolo.

L'unico erbario a fogli sciolti presente in biblioteca è l'erbario Marsili, del prefetto il cui fondo librario costituisce il fondo costitutivo della Biblioteca. Consta di 4 pacchi di fogli, ordinati alfabeticamente, con circa 545 specie. Gli esemplari sono muniti di etichetta con nomenclatura prelinneana e, a parte qualche eccezione, manca il luogo di raccolta. I campioni non sono attaccati ai fogli, ma ogni foglio su cui è appoggiata la pianta è chiuso in una cartellina di carta. E' il primo erbario di un prefetto dell'Orto ad arrivare all'orto. Contiene un esemplare di Cistus laurifolia (ex Euganeis), pianta scomparsa dal 19. secolo dai Colli Euganei.

L'erbario Marsili è stata digitalizzato ed è disponibile in Phaidra.

Tra gli erbari rilegati vi sono:

• Tre erbari attribuibili al farmacista Giovanni Girolamo Zannichelli: due grossi volumi in folio, composti il primo da 200 e il secondo da 172 carte, denominati da Saccardo "erbari generali", e un erbario di piante raccolte probabilmente nel 1722 in Istria, dove lo Zannichelli tornerà ad erborizzare anche nel 1725, ma quei campioni non sono arrivati alla biblioteca.
• Sette erbari del botanico e medico Bartolomeo Martini, due dei quali uguali tra loro. Tra gli erbari Martini, di particolare importanza è quello datato 1707 che conserva campioni raccolti sul Monte Baldo: è uno degli erbari più antichi sulle piante del Monte Baldo, sono circa 200 esemplari disposti alfabeticamente che il Martini identifica e figura poi nella sua opera sul Monte Baldo.
• un erbario realizzato dal farmacista Angelo Cabiati e donato alla Biblioteca da un suo discendente, Angelo Simionati. Si tratta di un erbario in due volumi, con uno o più esemplari per foglio, annotati con nome polinomio, indicazione della località di raccolta e proprietà farmaceutiche.
• un erbario di piante raccolte presso Chamonix da Ambrogio Paccard,comprendente 32 piante agglutinate con nomenclatura binomia.
• Il cosiddetto "Erbario di Fra' Giorgio" del 18. secolo, donato da G.B. De Toni nel 1902. Dai riferimenti presenti all'interno dell'erbario, originariamente l'opera doveva essere composta di due volumi, ma non si sa se il secondo volume sia ancora esistente e dove sia. L'autore è in realtà anonimo, ma per i riferimenti botanici agli autori di fama internazionale e ai grandi autori veneti dei secoli 15.-18., si può supporre che l'autore possa avere avuto contatti on importanti centri accademici come Padova o possa essere stato allievo di uno studioso che aveva questi contatti. Viene chiamato di Fra' Giorgio perché un frammento di lettera è di tale frate è conservato nel volume e si suppone che tale frate possa essere stato o il proprietario o lo stesso preparatore dell'erbario. La data di realizzazione è compresa tra il 1727 e gli anni 1750-60. L'erbario è la rappresentazione di una realtà naturalistica di grande valore.

L'erbario di Fra' Giorgio è stata digitalizzato ed è disponibile in Phaidra.

• L'erbario Agosti, realizzato nel 1769 consta di 361 fogli con le piante agglutinate nel solo recto: rappresenta bene la flora bellunese, specialmente quella del piano del colle e delle prealpi.
• L'erbario Dal Piaz, che consta di campioni raccolti dal prof. Giorgio Dal Piaz e D. Fabiani sulle Alpi durante varie campagne geologiche. L'erbario viene successivamente composto da Giovanni Battista Traverso, come testimonia la dedica di Traverso a Dal Piaz all'interno del volume stesso. Sono  indicate le località di raccolta.
• L'erbario Lambioi: un erbario di 382 carte, molto simile a quello di Agosti, di cui l'autore è stato in possesso, ma con l'aggiunta di campioni di flora alpina e di una collezione di farfalle agglutinate su fogli sciolti.
• Erbario romano anonomio: un erbario romano anonimo del 18 secolo, donato dal professor Corrado Tietto nel 2007.,composto da circa 150 carte. Nel dorso è presente un'etichetta  che lo indica come terzo volume dell'Herbarii naturali.
• Due erbari anonimi studiati dal botanico Renato Pampanini, che li data tra il diciottesimo e il diciannovesimo secolo. Sono stati con ogni probabilità compilati da qualcuno che aveva rapporti con l'Orto botanico di Padova o che lavorava all'orto.